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食の安全性は、従来厚生労働省の管轄であり、食品の規格、添加物の規格、残留農薬基準などの安全基準法によって定められていた。
一方、農林水産省は、JAS規格など安全に関すること意外の栽培基準や品質基準を管轄している。例えば食品衛生法の残留農薬基準では決められた農薬が農産物に最大限残留してもよいという基準値（残留限界値）を決めている。基準値を超えていれば、食品衛生法違反として、健康に及ぼす影響がすくなくても回指示などがだされる。JAS法で定められた農産物のJAS規格は、単なる栽培基準値などはない、農薬や化学肥料を使わない栽培法などはない、農薬や化学肥料を使わない栽培法ということだけで、有機農産物に農薬がどんなに含まれていてもJAS法違反にはならない。有機栽培だろうと、特別栽培（無農薬、減農薬）だろうと慣行栽培だろうというだけである。ただ、有機農産物は、限りなく残留農薬が口に近いと推測できるので、有機農産物に農薬が含まれていた場合には、農林水産省は「有機JASという格付け表示を抹消する」とか「有機農産物認定証機関の認定取り消し」といった手段を取ることができる。しかし、農林水産省は有機農産物の残留基準を作ることができない。安全基準はあくまでも厚生労働省の範囲なので、農林水産省が踏み込むことができない。ただし、使用できる農薬は、農林水産省管轄の農薬取締法で定められている。使用許可は農林水産省が行い、人体への安全基準となる残留農薬は厚生労働省が決める。
その結果、使用される農薬の種類は増えてしまい使用許可されている農薬・残留基準が追いついていない。
残留農薬基準が定められていなくて、世界中で使用されている農薬は数百種類もあり、この農薬はどれだけ農産物に残留していても食品衛生法違反には問われない。安全性よりも使用許可は優先されているからである（注１）。注１：「小売業のための（食品表示の常識）」、垣田達也、2003年月、29ページ
